Struktur Organisasi Fakultas Teknologi Pertanian terdiri atas :

1. Dekan
2. Wakil Dekan Bidang Akademik (WD1),
3. Wakil Dekan Bidang Umum dan Keuangan (WD2)
4. Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan dan Alumni (WD3),
5. Senat Fakultas,
6. Bagian Tata Usaha, yang terdiri atas:
   – Sub Bagian Akademik dan Kemahasiswaan dan
   – Sub Bagian Umum dan Keuangan,
7. Jurusan Teknologi Pertanian, yang terdiri atas :
   – Program Studi Teknologi Hasil Pertanian
   – Program Studi Teknik Pertanian dan Biosistem
8. Laboratorium, terdapat 2 laboratorium yaitu
   – Laboratorium Teknologi Pertanian
   
   • Sub Lab. Pengolahan Hasil Pertanian
   • Sub Lab. Kimia Pangan,
   • Sub Lab. Mikrobiologi Pangan
   
   – Laboratorium  Teknik Pertanian dan Biosistem.

Dekan sebagai pimpinan tertinggi di fakultas bertanggung jawab kepada Rektor. Dalam melaksanakan tugasnya Dekan dibantu oleh: (1). Wakil Dekan Bidang Akademik yang mempunyai tugas membantu Dekan dalam memimpin pelaksanaan pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat; (2). Wakil Dekan Bidang Umum dan Keuangan yang mempunyai tugas membantu Dekan dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang perencanaan, keuangan, administrasi umum dan sistem informatika dan (3). Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan dan Alumni yang mempunyai tugas membantu Dekan dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang kemahasiswaaan dan alumni.