Berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 153 Tahun 2000 tanggal 3 November 2000, Fakultas Pertanian Universitas Cenderawasih (Faperta Uncen) telah resmi berubah menjadi Universitas Negeri Papua (UNIPA) yang berkedudukan di Kabupaten Manokwari, Provinsi Papua Barat dan selanjutnya  pada tahun 2014 berubah menjadi Universitas Papua.

Pada tahun 2015 UNIPA telah membuka enam fakultas baru seperti yang telah tertuang pada Rencana Strategis Universitas Papua, salah satunya adalah pembukaan Fakultas Teknologi Pertanian (FATETA). Hingga saat ini FATETA baru menyelenggarakan  satu program studi (PS), yaitu PS. Teknologi Hasil Pertanian (PS. THP). Berdasarkan Rencana Strategis Fakultas Teknologi Pertanian UNIPA, terdapat 3 (tiga) program studi yang berapa dalam lingkup Fakultas Teknologi Pertanian, yaitu: (1) Program Studi Teknologi Hasil Pertanian (strata-1), (2) Program Studi Teknik Pertanian dan Biosistem (strata-1) dan (3) Program Studi Agroindustri (diploma-3).

Pada tahun 2009 telah terbentuk  tim penyusun dokumen pembukaan program Studi Teknik Pertanian dan Biosistem oleh Dekan Fapertek UNIPA dengan SK: SP-02/H42.1/PP/2009 dan sejak saat itu tim tersebut  telah memulai penyusunan proposal dan melakukan pengumpulan dokumen-dokumen yang dibutuhkan namun belum sempat diajukan ke Direktur Jenderal Perguruan Tinggi. Selanjutnya,  pada tahun 2015 Dekan Fakultas Teknologi Pertanian (FATETA) UNIPA kembali membentuk tim pembukaan Program Studi Teknik Pertanian dan Biosistem  (PS. TPB) dengan SK Dekan Nomor : SP – 027/UN42.1.1.8/PP/2015.

Sebagai pusat pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi rekayasa dalam bidang pertanian berbasis potensi  sumber daya lokal Papua

1. Menyelenggarakan pendidikan keteknikan pertanian dan biosistem yang berkualitas di Papua dan Papua Barat.
2. Menyediakan informasi dan pusat penelitian di bidang keteknikan pertanian dan biosistem yang berkualitas.
3. Menyelenggarakan pengabdian kepada masyarakat melalui penerapan teknik Pertanian dan biosistem tepat guna berbasis potensi sumber daya lokal Papua

1. Mengembangkan proses pendidikan dalam bidang keteknikan pertanian dan biosistem yang berkualitas sehingga mampu menghasilkan lulusan yang profesional dalam bidang keterknikan pertanian dan biosistem, memiliki jiwa wirausaha dan berakhlak terpu
2. Menjadi pusat informasi terpercaya dalam bidang keteknikan pertanian dan biosistem di Papua.
3. Mengembangkan penelitian-penelitian di bidang keteknikan pertanian dan biosistem yang berbasis potensi lokal Papua.
4. Membina industri kecil pengolah hasil pertanian.
5. Mengembangkan kerjasama kemitraan nasional dan internasional

Saat ini, dosen tetap Program Studi Teknik Pertanian dan Biosistem (TPB) berjumlah 9 orang dengan bidang keahlian yang berbeda-beda. 2 orang berkualifikasi S3 dan 7 orang berkualifikasi S2. Profil lengkap dosen TPB.

Kurikulun tahun 2018 berbasis KKNI (untuk angkatan 2018 hingga sekarang). Kurikulum Prodi TPB.